Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 ο Ιωάννης Καποδίστριας προσέρχεται στον Ιερό Ναό του Αγίου Σπυρίδωνα για να εκκλησιασθεί. Τον συνοδεύει μόνο ο μονόχειρας σωματοφύλακας του ο κρητικός Κοκκόνης. Στον δρόμο προς την εκκλησία συναντά τους Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη και Γεώργιο Μαυρομιχάλη οι οποίοι αφού τον χαιρετούν τον προσπερνούν και καταλαμβάνουν θέσεις δεξιά και αριστερά της μικρής θύρας του Ναού. Κοντά τους βρίσκεται και ο αστυνομικός Καραγιάννης ο οποίος είχε μυηθεί στην συνωμοσία.
Ο Καποδίστριας προφανώς είχε διαισθανθεί τι ακριβώς τον περίμενε. Όταν συναντήθηκε με τους Μαυρομιχαλαίους τους έριξε μια ματιά βγάζοντας τον καπνό του κατά την συνήθεια της εποχής. Πλησιάζοντας προς την εκκλησία τον πυροβολεί πρώτος ο Καραγιάννης αλλά αστοχεί. Τον πυροβολεί συγχρόνως και ο Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλης. Η σφαίρα τον βρίσκει στο κεφάλι.
Ο Εθνικός Κυβερνήτης πέφτει αιμόφυρτος. Τότε τρέχει ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης και με το μαχαίρι του τον καρφώνει πολλές φορές. Ο λαός που ήταν συγκεντρωμένος στην αρχή έκπληκτος και άφωνος παρακολουθεί το πρωτοφανές αυτό φονικό. Αμέσως μετά αρχίζει να καταδιώκει τους δολοφόνους οι οποίοι εκλιπαρούν το έλεος των διωκτών τους.
Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης καταδιωκόμενος από το πλήθος και στρατιώτες συλλαμβάνεται. Αμέσως άρχισαν να τον κτυπούν με μανία ενώ εκείνος ζητούσε έλεος. Τότε ο οπλαρχηγός Φωτομάρας σηκώνει την πιστόλα του και από το παράθυρο του σπιτιού του πυροβολεί τον Μαυρομιχάλη και τον σκοτώνει.
Η αγανάκτηση του κόσμου δεν εκτονώθηκε. Διαμέλισαν το πτώμα του και σε φρικτή κατάσταση το πέταξαν στην θάλασσα όπου επέπλεε για πολλές ημέρες. Κάποτε το έδεσαν σε μία πέτρα όπου και βυθίστηκε στα γαλανά νερά του Ναυπλίου.
Ο έτερος των δολοφόνων Γ. Μαυρομιχάλης στάθηκε περισσότερο τυχερός αφού καταδιωκόμενος και αυτός από το πλήθος κατέφυγε στην Γαλλική πρεσβεία, «ζητών την Γαλλικήν υπεράσπισιν έκραξε ότι εφονεύσαμε τον τύραννον, και φιλών την πιστόλα του αφιερώνων αυτήν και εαυτόν εις την τιμή της Γαλλίας».
Σε έξαλλη κατάσταση ο λαός του Ναυπλίου συγκεντρώθηκε γύρο από την Γαλλική πρεσβεία και με κραυγές αγανακτήσεως απαιτούσε να του παραδοθεί ο δολοφόνος. Προ του κινδύνου να καταλάβει το αγανακτισμένο πλήθος την πρεσβεία, οι Γάλοι παρέδωσαν τον Γ. Μαυρομιχάλη στους στρατιώτες που παρευρίσκοντο μαζί με τον λαό.
Ο δολοφόνος αμέσως μετά οδηγήθηκε στο δικαστήριο το οποίο τον δίκασε για το έγκλημα του και τον καταδίκασε σε θάνατο. Για δικηγόρο του είχε τον Εδουάρδο Μάσον ο οποίος υπέβαλε ένσταση αναρμοδιότητας του δικαστηρίου, η οποία φυσικά απερρίφθη.
Στην συνέχεια προσέβαλε την πρωτόδικο καταδικαστική απόφαση στο Αναθεωρητικό, το οποίο όμως την επικύρωσε και έτσι ο δολοφόνος του Εθνικού κυβερνήτη και αρχηγού του Ελληνικού κράτους εξετελέσθη». Ο αστυνομικός Καραγιάννης καταδικάστηκε επίσης σε θάνατο. Του δόθηκε όμως εξάμηνη αναβολή διότι υποσχέθηκε στο δικαστήριο ότι θα προβεί σε αποκαλύψεις. Μετά από λίγο χρόνο τον άφησαν ελεύθερο.
Ο συνήγορος του Γ. Μαυρομιχάλη Εδουάρδος Μάσον οποίος ήταν εβραίος στην καταγωγή, ως εισαγγελεύς, στην δίκη του Κολοκοτρώνη ήταν αυτός ο οποίος ζήτησε την θανατική του καταδίκη.
